Al estar en una zona tropical se puede ir prácticamente durante todo el año. Las precipitaciones (salvo en la costa este de Malasia peninsular) no varían tanto entre la estación húmeda y el resto del año. 

En la costa este de Malasia peninsular las fuertes lluvias azotan el territorio entre noviembre y mediados de febrero. Durante estos meses muchos centros turísticos y el transporte marítimo se reduce o de frentón se cancela. La buena noticia, es que en esta misma fecha la costa oeste no se ve afectada. 

Para ir a Kuala Lumpur lo ideal es evitar hacerlo en abril, que es su mes más lluvioso. Para ir a Penang o Langkawi y la costa oeste en general lo mejor es ir entre noviembre y marzo; y sus meses más lluviosos son entre abril y octubre. 

En relación a Borneo lo afectan monzones durante prácticamente todo el año y la peor época para visitarla es entre diciembre y febrero, donde incluso varios centros turísticos cierran debido a las lluvias. Durante el resto del año se puede ir sin problema siempre, y sus mejores meses son mayo y junio. 

Merece tener en consideración que en fechas como el Año Nuevo Chino, Navidad y Hari Raya suele haber una demanda significativa del movimiento, lo que ocasiona aumentos en los precios de los alojamientos y los servicios se ven llevados al límite de sus capacidades.